Фамилия Лукишин образована от производной формы крестильного имени Лука — Лукиша. Само имя Лука восходит к латинскому слову «lux» (свет) и означает «светоносный». Таким образом, Лукишин — это буквально «сын Лукиши», то есть потомок человека, которого в домашнем обиходе называли уменьшительно-ласкательным вариантом полного церковного имени.

Словообразовательная модель здесь прозрачна: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?»), а основа — краткая форма Лукиша. В русской ономастике такие фамилии на -ин типичны для северных и центральных областей, где отчества в быту часто заменяли фамилиями уже в XV–XVI веках. В этом смысле Лукишин — ровесник множества «патронимических» фамилий, образованных от народных вариантов канонических имён.

Интересно, что форма Лукиша могла возникнуть не только как уменьшительное от Лука, но и как самостоятельное прозвище. В некоторых говорах «лукиша» называли хитрого, изворотливого человека — возможно, из-за созвучия со словом «лукавый». Однако основная, наиболее надёжная версия — именно происхождение от имени, поскольку подавляющее большинство русских фамилий на -ин восходит к крестильным именам, а не к прозвищам.

Фамилия нередко встречается в южнорусских и украинских областях, где имя Лука было особенно популярно среди крестьян и казачества. В документах XVII–XVIII веков упоминаются казаки Лукишины в Запорожской Сечи, но утверждать, что все носители фамилии происходят из этой среды, нельзя — географический разброс слишком широк.

С точки зрения ударения, в фамилии Лукишин оно падает на второй слог (Луки́шин), что отличает её от возможного варианта Лу́кишин, который встречается реже и мог бы указывать на иной диалектный говор.

В целом фамилия Лукишин — типичный пример русской патронимической фамилии, которая закрепилась за потомками человека по имени Лука, но в той его обиходной форме, которая была распространена в повседневной речи, а не в церковных святцах.