Фамилия Лукишины образована по самой распространённой в русском языке модели — от имени или прозвища с помощью суффикса -ин. Этот суффикс указывал на принадлежность: Лукишин — «чей?» — «сын того, кого звали Лукиша». В основе лежит не полное церковное имя Лука, а его уменьшительно-ласкательная форма Лукиша. Имя Лука пришло на Русь вместе с христианством из латинского языка, где lux означает «свет», поэтому имя толкуют как «светоносный». Но в быту, особенно в крестьянской среде, полное имя почти не использовалось — его заменяли короткими и привычными вариантами вроде Луки, Луканя, Лукиша.

Форма Лукиша — не единственная производная от Луки. Сравните фамилии Лукин, Лукашин, Лукьянов — все они восходят к одному корню, но к разным народным вариантам имени. Фамилия Лукишины, с двойным суффиксом (-иш- и -ин), встречается реже, чем, например, Лукины, и это может говорить о более позднем закреплении фамилии или о её локальном бытовании в определённом регионе.

Точных данных о месте и времени возникновения фамилии нет — такие сведения обычно сохраняют метрические книги и ревизские сказки, которые по разным семьям разыскиваются отдельно. Однако словообразовательная модель говорит сама за себя: суффикс -ин типичен для северных и центральных областей России, где фамилии на -ин составляют большинство. В южных и западных регионах чаще встречаются фамилии на -енко, -ук, -ич.

В современном русском языке фамилия Лукишины склоняется как обычное прилагательное: Лукишиных, Лукишиным. Если вы носитель этой фамилии, ваши предки, скорее всего, жили в среде, где имя Лука было распространено, а фамилию закрепили в XIX веке, когда крестьянам массово присваивали фамилии по имени отца или деда.