Фамилия Лупсякова — редкий случай, когда прозвище, лёгшее в основу, почти не даёт однозначной расшифровки. В ней слышится что-то диалектное, местное, не укладывающееся в стандартные модели. Корень «лупс-» не встречается в общеславянских именах и нарицательных словах литературного языка, зато хорошо знаком носителям северных и уральских говоров. Там «лупсой» или «лупсаком» могли назвать человека с крупными, навыкате глазами — от глагола «лупить» в значении «таращиться, пялиться». Другая, более прозаичная версия связывает прозвище с «лупсом» — так в некоторых регионах называли кожуру, шелуху, а в переносном смысле — неопрятного, облезлого человека. Оба значения нелестные, но в народной ономастике это норма: прозвище прилипало к человеку по самой заметной внешней черте.

Модель образования типична для русских фамилий на -ов/-ев: сначала появилось прозвище Лупсяк, затем от него образовалось притяжательное прилагательное — сын Лупсяка, то есть Лупсяков. Суффикс -ак в основе указывает на разговорную, даже фамильярную форму, характерную для северных и сибирских говоров. Женская форма Лупсякова — это не отдельная фамилия, а грамматическое производное: жена или дочь Лупсякова.

Географически фамилия тяготеет к Вологодской, Архангельской областям и Пермскому краю — именно там фиксируются старые крестьянские роды с такой основой. В центральных губерниях она почти не встречалась, что подтверждает её диалектное происхождение. Сословно предки Лупсяковых — почти наверняка государственные или черносошные крестьяне, реже — однодворцы на южных рубежах. Дворянских родов с этой фамилией не зафиксировано.

В написании возможна вариативность: в старых метрических книгах встречается Лупсяков и Лупсякова (для женщин), но никогда — через «и» или «е» в корне. Ударение в фамилии плавающее: носители из разных регионов могут произносить Лупсякóва или Лýпсякова, хотя литературная норма склоняется к варианту с ударением на второй слог — Лупсякóва.