Фамилия Лупякова образована от прозвища Лупяк. В его основе — глагол «лупить», то есть «сдирать шкуру». Скорее всего, предок носителя этой фамилии занимался выделкой кож или разделкой туш: такие прозвища по ремеслу давали часто и без особой фантазии. Впрочем, в некоторых говорах «лупить» означало ещё и «есть жадно, без меры» — тогда Лупяком могли прозвать человека с отменным аппетитом. Есть и третья версия: в южных диалектах бытовал глагол «лупать» — «моргать, хлопать глазами». Если так, прозвище могло закрепиться за робким или часто мигающим человеком.

Фамилия закрепилась в форме притяжательного прилагательного с суффиксом -ов: Лупяков, а в женском роде — Лупякова. Такая модель типична для русских фамилий, образованных от прозвищ на -як: Лупяк, как и Глушняк или Долбяк, давал естественную основу для фамилии. Сословная принадлежность первых Лупяковых неясна — фамилия могла возникнуть и в крестьянской, и в мещанской среде. Географически она тяготеет к южнорусским и центральным областям, где были распространены соответствующие говоры.