Фамилия Луйкина — женская форма фамилии Луйкин, а та, в свою очередь, образована от мужского прозвища или имени Луйка. Основа здесь — «луй», и сразу возникает вопрос: от какого слова? Ответ неочевиден, и этимология у этой фамилии не единственная.

Самая прямая версия связывает прозвище Луйка с глаголом «луить». В северных и сибирских говорах это слово означало «качать, шатать, колебать» или «выманивать, обманывать». Соответственно, Луйкой могли прозвать человека нетвёрдого в решениях, непостоянного либо, наоборот, хитрого и склонного к плутовству. Вторая версия — от диалектного «луй»: в некоторых областях так называли лубяной короб или небольшой туесок. Тогда прозвище могло относиться к мастеру, который делал такие изделия, или к торговцу, который их возил.

Менее вероятно, но возможно, что в основе лежит каноническое имя Лука (в народной форме Лукьян), где «Луйка» — результат редукции и упрощения: Лука → Луйка. Однако эта гипотеза слабая: для имени Лука типичнее форма Лукин, а Луйка — скорее самостоятельное прозвище.

Суффикс -ин в фамилии Луйкин указывает на принадлежность: «чей?» — сын или потомок Луйки. Такая модель типична для северных и центральных регионов России. Географически фамилия встречается нечасто, но фиксируется в Вологодской, Архангельской областях и в Поволжье — как раз там, где слово «луить» было в ходу.

Однокоренных фамилий немного, но они есть: Луйков, Луйковский. Сравнение с ними показывает, что Луйкин — более архаичный вариант, сохранивший патронимическую форму без дополнительных суффиксов.