Фамилия Лялите — редкая и нестандартная для русского уха. Она не вписывается в привычную модель русских фамилий на -ов, -ин или -ский. Её происхождение почти наверняка связано с литовским или жемайтийским языковым миром, где такие окончания — норма.

В основе фамилии лежит, скорее всего, литовское слово lėlė — «кукла». Суффикс -ite (-ytė) в литовском языке — один из самых распространённых женских патронимических показателей, обозначающий «дочь такого-то». То есть Лялите буквально означает «дочка Ляли» или «дочь человека по прозвищу Ляля». Если бы фамилия была мужской, она звучала бы как Лялис. В среде литовского крестьянства такие фамилии в XIX веке часто давали не по роду занятий, а по личным качествам или прозвищам: «кукла» могла указывать на маленький рост, опрятность или, наоборот, на кукольную внешность.

На территориях бывшей Российской империи фамилия Лялите встречается главным образом в Литве, а также в приграничных районах Беларуси и Польши, куда переселялись литовцы. В русском контексте она могла появиться как результат полонизации или русификации литовской фамилии: окончание -е вместо -ė — типичная особенность записи в паспортах царского времени.

Есть и другая, менее вероятная версия: что корень «лял» восходит к диалектному русскому «ляля» (няня, старшая сестра) или даже к тюркскому «ляля» (тюльпан). Но литовская модель образования фамилии с суффиксом -ite настолько характерна, что спорить с ней трудно. Перед нами — классический пример фамилии-«матрёшки», где в одном слове скрыто и имя, и родство, и национальная принадлежность.