Фамилия Лыкшитова — редкая, и её разбор требует внимания к деталям, которые обычно ускользают при поверхностном взгляде. Она женская по форме (окончание -а), а мужской вариант — Лыкшитов. Основа фамилии — «Лыкшит», что сразу указывает на нерусское, скорее всего, тюркское происхождение.

Корень «лык» или «лыкш» в тюркских языках (татарском, башкирском, казахском) часто связан с понятием «грязь», «тина», «ил» или «болото». В диалектах встречается слово «лык» — вязкая, топкая почва. Суффикс «-шит» — редкий словообразовательный элемент, который можно интерпретировать как часть сложного прозвища или имени. Возможно, «Лыкшит» — это искажённое «Лыкшы» (от «лык» + аффикс принадлежности) с добавлением тюркского суффикса «-т» (усилительное или уменьшительное значение). Прямых аналогов в русских фамилиях нет, что подтверждает её иноязычную природу.

Скорее всего, фамилия образована от прозвища Лыкшит, данного человеку, жившему у болотистой местности, на топком берегу реки, или тому, кто добывал ил, глину (возможно, гончар). Вторая, менее вероятная версия: основа восходит к арабскому имени Лукман (через тюркское посредничество), но фонетический переход «Лукман» → «Лыкшит» маловероятен без дополнительных промежуточных форм.

По географии бытования фамилия Лыкшитова встречается в Поволжье (Татарстан, Башкортостан) и в Западной Сибири (Тюменская область) — регионах, где исторически смешивались тюркские и финно-угорские народы. Это указывает на то, что предки носителя фамилии, вероятно, были татарами, башкирами или мишарями, принявшими христианство и русифицировавшими фамилию в XVIII–XIX веках. Суффикс «-ов» (в мужском варианте) — типичный русский патронимический показатель, который «пришили» к тюркской основе при переходе в русскую антропонимическую систему.

Сословная принадлежность предков неясна: фамилия не встречается в дворянских родословных книгах, что говорит о крестьянском или мещанском происхождении. Скорее всего, первые носители были государственными или ясачными крестьянами, платившими подать пушниной или деньгами.