Фамилия Лыкшина — женская форма фамилии Лыкшин. В основе лежит прозвище или нецерковное имя Лыкша. Такие имена на -ша в старину образовывали от разных корней: от глаголов («лыкать» — рыдать, всхлипывать), от названий предметов («лыко») или же как сокращённые формы крестильных имён (например, Галактион → Галакша, но здесь созвучие сомнительное). Самая прямая версия: Лыкша — человек, имеющий отношение к лыку, то есть к внутренней части коры липы, из которой плели лапти, корзины, мочала. Предок мог быть лыкодером (заготовщиком лыка) или лапотником — ремесленником, работавшим с этим материалом. Прозвище могли дать и за внешность: «лыком шитый» говорили о неказистом, простоватом человеке, но в случае с фамилией вероятнее профессиональная основа.

Модель образования типична для северных и центральных русских говоров: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?» — Лыкшин, то есть сын Лыкши). Фамилия редкая, нечастотная. Встречается в основном в Поволжье и на Урале, что косвенно подтверждает связь с крестьянским промыслом: в этих регионах лыко и лапти были ходовым товаром вплоть до начала XX века.

Сравните с однокоренными фамилиями: Лыков, Лычкин, Лыкасов. Лыкшина стоит особняком благодаря суффиксу -ш-, который придаёт основе экспрессивный, уменьшительно-пренебрежительный оттенок (как Мишка, Ванька). Это говорит о том, что прозвище Лыкша могло быть не столько официальным именем, сколько уличным — данным в деревне по ремеслу или привычке. Таким образом, носительница фамилии Лыкшина может считать своими предками мастеровых людей, связанных с лесным промыслом и плетением, живших в крестьянской среде северо-востока России.