Фамилию Лыкшин стоит разбирать с её финала — суффикса -ин. В русской модели фамилий -ин указывает на принадлежность: «чей?» — «Лыкшин» значит «сын Лыкши» или «человек из семьи Лыкши». Основа здесь — прозвище или нецерковное имя Лыкша. Это слово напрямую связано с лыком — корой молодых лип, из которой плели лапти, корзины, мочало. Лыкша — человек, имевший дело с лыком: либо крестьянин, промышлявший заготовкой лыка, либо мастер-лапотник, либо просто носитель прозвища по этому занятию.

Есть и другая версия. В некоторых говорах «лыкша» могло быть диалектной формой имени Гликерия или Лукерья. В народе эти имена нередко сокращали до Лыкши — по созвучию с лыком или просто как удобный вариант. Тогда фамилия Лыкшин могла образоваться от женского имени, что на Руси случалось реже, но не исключено: например, если сына звали по матери-вдове или по бабке. Однако первая версия — от прозвища по ремеслу — кажется надёжнее: она проще и типичнее для крестьянской среды, где фамилии часто цеплялись за занятие.

Географически фамилия привязана к северным и центральным регионам России — к тем местам, где было развито лыковое ремесло: Вологодчина, Костромская, Нижегородская губернии. Лыкшин — не редкая, но и не массовая фамилия; её носители встречаются в основном в русских областях, без заметного распространения среди других народов.

Любопытно, что у фамилии есть однокоренные «родственники»: Лыков, Лыкасов, Лыкша. Лыков — одна из самых известных русских фамилий с той же основой, а Лыкшин стоит несколько особняком из-за суффикса -ш-, который мог появиться в результате диалектного произношения или как уменьшительная форма. В любом случае, предки Лыкшиных — люди, чья жизнь была связана с лесом и лыком, с незатейливым, но необходимым в старом быту ремеслом.