Фамилия Лысканцев — редкий случай, когда суффикс выдаёт географию точнее, чем корень. Перед нами типичная фамилия северо-восточного типа: суффикс -ев присоединён к основе, оканчивающейся на -ц. В центральной России такие фамилии чаще получали окончание -ов (Лысканцов), а на Русском Севере, в Вятке и на Урале прижился вариант Лысканцев. Фонетически это объясняется аканьем или редукцией гласного после твёрдого ц.

Основа фамилии — прозвище Лысканец. В говорах «лыска» означало либо лысину, либо плешивого человека, либо даже животное с белой отметиной на лбу (лысиной). Суффикс -ан-/-ян- в прозвищах часто придавал оттенок характерного признака (сравните: горлан, болван, смутьян). Таким образом, Лысканец — «человек с заметной лысиной» или «лысый парень». Второй, менее вероятный вариант: прозвище могли дать по реке Лыска (несколько таких рек есть в бассейне Волги), тогда Лысканец — это выходец с берегов Лыски.

С точки зрения словообразования фамилия прошла стандартный путь: прозвище Лысканец → отчество «Лысканцев сын» → фамилия Лысканцев. Модель типична для XVI–XVII веков, когда прозвища на -ец активно переходили в фамилии с суффиксом -ев (ср. Кузнец — Кузнецов, Молодец — Молодцев, Стрелец — Стрельцов). В отличие от фамилий на -ин, которые чаще образовывались от основ на -а/-я, здесь сработала концовка на твёрдый согласный.

Сословная принадлежность Лысканцевых, скорее всего, крестьянская или посадская. Фамилия не встречается в дворянских родословных книгах и не фиксируется в ранних боярских списках. В метрических книгах XIX века Лысканцевы чаще всего записаны как государственные крестьяне Вятской губернии и мещане уральских городов. Именно в этих краях фамилия сохранилась наиболее плотно — в современных базах данных адресатов с фамилией Лысканцев больше всего в Кировской области и Пермском крае.

Любопытная деталь: в дореволюционных документах встречается написание через «о» — Лысканцов. Это не ошибка, а отражение местного произношения: в северных говорах окали, то есть чётко выговаривали [о] после ц, а писцы фиксировали так, как слышали. После реформы орфографии и унификации фамилий в советских паспортах вариант с «е» закрепился как основной.