Фамилия Лысункина — женская форма фамилии Лысункин. Её основа — прозвище или нецерковное имя Лысун, которое, в свою очередь, образовано от прилагательного «лысый». В русских говорах слово «лысун» имело несколько значений: так могли называть человека с облысением, а также, по данным диалектных словарей, лешего или чёрта (в некоторых регионах лешего величали «лысуном» из-за его лысой головы). Впрочем, бытовое прозвище «Лысун» чаще относилось к человеку с заметной лысиной — яркий внешний признак, который легко закреплялся в качестве фамильного имени.

Модель образования фамилии типична для восточнославянской ономастики: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?»), то есть Лысункин — «сын Лысуна» или «потомок Лысуна». Фамилии на -ин обычно возникали от основ, оканчивающихся на -а/-я, что и произошло с прозвищем Лысун. Интересно, что фамилия Лысункина встречается реже, чем более распространённые Лысов, Лысцов или Лысенко, что говорит о её локальном, возможно, севернорусском или вятском происхождении — именно там суффикс -ин и прозвища с уменьшительными окончаниями были особенно популярны.

В документах XVII–XVIII веков прозвище Лысун фиксируется у крестьян и посадских людей. Например, в переписных книгах встречаются Лысуны в Архангельской и Вологодской губерниях. Таким образом, предки носительницы фамилии Лысункина, скорее всего, были крестьянами или ремесленниками, получившими фамилию по отцу или деду, которого окружающие прозвали Лысуном за отсутствие волос.

Стоит учесть и редкую версию: в некоторых говорах «лысун» — название гриба-дождевика или даже сорта яблок. Но в качестве прозвища человека это маловероятно: обычно фамилии от названий растений образуются через другие суффиксы. Поэтому основная и самая правдоподобная версия — связь с лысиной. Фамилия Лысункина — живое напоминание о том, как метко и просто наши предки давали имена по внешности, и это осталось с нами через века.