Фамилия Лисункин — редкий случай, когда прозвищная основа и суффикс вступают в спор. На первый взгляд, корень «лис» очевиден: прозвище Лисун или Лисунка могли дать хитрому, льстивому или рыжеволосому человеку. Однако суффикс «-ун» в русских прозвищах часто указывал не на внешность, а на характерное действие: «крикун» от «кричать», «болтун» от «болтать». Значит, Лисуном могли называть не просто «лисоподобного», а того, кто «лисит» — то есть хитрит, изворачивается, льстит. В говорах слово «лисить» как раз означало «льстить, угодничать».

Форма Лисункин образована по стандартной модели «-ин»: от прозвища Лисунка (уменьшительно-ласкательная форма с суффиксом «-к-») или напрямую от Лисун. Притяжательный суффикс «-ин» указывает на принадлежность: «чей?» — Лисункин, то есть сын или потомок Лисуна. Важно, что фамилия не дворянская и не книжная: она бытовала в крестьянской и мещанской среде, особенно в центральных и южнорусских областях. Встречается и вариант Лисунков — с суффиксом «-ов», что типично для фамилий, образованных от полных форм без уменьшительного суффикса.

Отдельного внимания заслуживает редкость фамилии. Лисун — нечастое прозвище, в отличие от массового Лисов или Лисицын. В ономастических справочниках фамилия Лисункин почти не упоминается, что делает её ценной для локальной генеалогии. Если предки носили эту фамилию, вероятнее всего, они жили в одном из сёл или городков, где прозвище Лисун закрепилось за конкретным родом. Никакой связи с тюркскими или финно-угорскими корнями нет — это чисто славянская модель, построенная на русском диалектном слове.