Основой фамилии Лисуненко послужило мирское имя Лисун. Мирское имя Лисун восходит к названию животного - «лиса». Давая младенцу такие имена, как, например, Лисун, родители хотели, чтобы природа воспринимала ребенка как своего, чтобы к нему перешли те полезные качества, которыми наделен избранный представитель животного мира. Согласно другой, менее правдоподобной версии, фамилия Лисуненко образована от прозвища Лисун, которое восходит к украинскому прилагательному «лiсий» - «лысый». Раньше к подобным прозвищам, указывающим на внешние особенности, относились достаточно спокойно. Однако Лисуном также могли называть опытного, бывалого человека. Не исключено также, что в основе фамилии Лисуненко лежит слово «лiс» - «лес». Таким образом, основатель рода Лисуненко мог жить в лесу.