Фамилия Лисуненко образована по распространённой в украинской ономастике модели: к основе прозвища или мирского имени Лисун добавился патронимический суффикс -енко. Этот суффикс, характерный для Поднепровья и Левобережной Украины, буквально означает «маленький» или «сын», то есть Лисуненко — «сын Лисуна». Следовательно, фамилия указывает на прямого потомка человека, которого в народе называли Лисуном.

Самая вероятная версия происхождения основы — от мирского имени Лисун, данного по названию животного — лисы. В дохристианской славянской традиции такие имена были не случайны: родители верили, что, назвав ребёнка Лисом или Лисуном, они передадут ему хитрость, ловкость и умение приспосабливаться, которыми народное сознание наделяло этого зверя. Имя должно было сделать природу «своей» для младенца.

Существует и альтернативное объяснение, хотя оно менее убедительно. Согласно ему, Лисун — это прозвище, связанное с украинским прилагательным «лiсий» (лысый). Прозвища по внешним признакам были в ходу, и лысина могла стать заметной приметой. Однако слово «лiсий» не даёт прямой и бесспорной фонетической формы «Лисун».

Третья, тоже возможная, но не основная версия, связывает прозвище со словом «лiс» (лес). Лисуном могли назвать человека, жившего в лесу или занимавшегося лесным промыслом. Но и здесь переход «лiс» → «Лисун» не является строго обязательным: от «леса» чаще образовывали прозвища Лесун, Лесовик. Версия с животным остаётся главной как по словообразовательной прозрачности, так и по частотности подобных имён в древнерусской антропонимии.