Фамилия Лысуненко — яркий пример украинской модели образования фамилий, которые в русском языке нередко воспринимаются как «южнорусские» или «хохлацкие». Её основа — прозвище Лысун, а суффикс -енко указывает на происхождение: в украинской ономастике этот суффикс традиционно обозначал «сын такого-то» или «потомок». То есть Лысуненко — буквально «сын Лысуна», что роднит её по модели с фамилиями типа Шевченко (сын шевца), Коваленко (сын кузнеца) или Ткаченко.

Прозвище Лысун, в свою очередь, происходит от прилагательного «лысый». В славянской традиции прозвища по внешним признакам давали без злого умысла — чаще для точного указания на человека в общине. Лысуном могли назвать человека с заметной лысиной, а также того, кто брил голову (например, по религиозным или бытовым причинам). Есть и более редкая версия: в некоторых говорах «лысун» означало «хитрец» или «пройдоха» — от глагола «лысить» в значении «хитрить, изворачиваться». Но основная версия всё же связана с внешностью.

Интересно, что фамилия Лысуненко не так распространена, как её «старшие братья» — Лысенко (от Лысый) или Лысаков. Суффикс -ун в основе (Лыс-ун) придаёт прозвищу оттенок носителя признака: «тот, кто обладает лысиной». Такое словообразование типично для украинских и белорусских говоров, где -ун часто встречается в прозвищах (Горбун, Крикун, Мовчун). По сословной принадлежности предки Лысуненко, скорее всего, были крестьянами или казаками — именно в этих средах украинские фамилии на -енко формировались массово в XVI–XVII веках. Дворянских родов с такой фамилией в исторических документах не зафиксировано.

Географически фамилия тяготеет к центральным и восточным областям Украины — Полтавщине, Черкащине, Сумщине. В России она встречается редко, в основном у потомков переселенцев с Украины. Если вы носите эту фамилию, то с большой вероятностью ваши предки жили в чернозёмной полосе, где в XVII–XVIII веках формировались казачьи и крестьянские родовые прозвища.