Фамилия Лысунова — женская форма фамилии Лысунов, и её ключ к разгадке лежит в прозвище Лысун. В русской ономастике это типичная «прозвищная» фамилия, образованная по модели «прозвище + суффикс -ов». Суффикс указывает на принадлежность: Лысунов буквально значит «сын Лысуна» или «из семьи Лысуна».

Основа «лыс» в прозвище Лысун не обязательно указывала на отсутствие волос. В диалектах русского языка слово «лысун» имело несколько значений. В северных и сибирских говорах так называли медведя-шатуна или, реже, росомаху — зверя с необычным окрасом или поведением. В южнорусских областях «лысуном» могли прозвать человека с залысиной, а в переносном смысле — хитрого, себе на уме мужика, который «лысого» (трудного) дела не боится. Встречается и значение «обедневший, облысевший от нужды» — то есть потерявший достаток.

География фамилии Лысуновых (а значит, и Лысуновых) тяготеет к центральным и северным регионам России. В архивных записях XVII–XVIII веков Лысуновы чаще встречаются в Вологодской, Архангельской и Костромской губерниях — там, где «лысуном» называли медведя. Это даёт правдоподобную версию: предок носителя фамилии мог получить прозвище за силу, угрюмость или связь с охотой на медведя. Версия с лысиной проще, но менее специфична: лысых людей было много, а вот прозвище по медведю — редкая и точная деталь, которая выделяет фамилию из ряда «лысых» однокоренных (Лысов, Лысенков, Лысцов).

В написании фамилии нет двоякости: ударение падает на второй слог — Лысу́нова. Вариант с ударением на первый слог (Лы́сунова) встречается реже и характерен для южнорусских говоров, где слово «лысун» произносили с иной интонацией.