Фамилия Лысуневский — один из тех случаев, когда географическая привязка оказывается важнее, чем буквальное значение прозвища. Её основа — «лысун» или «лысуня». В русских говорах лысуном называли человека с лысиной, а также, в некоторых областях, белого голубя или даже медведя-шатуна. Однако в данном случае фамилию образовали не напрямую от прозвища, а от названия места.

Модель на «-евский» (где «ев» — часть основы, а «ский» — суффикс) указывает на типично польское или западнорусское происхождение. Такие фамилии давали по названию имения, хутора или села. В Польше и на землях бывшей Речи Посполитой есть несколько топонимов Лысунево, Лысуново или Лысуни. Человек, владевший таким хутором или просто живший в нём, получал прозвище Лысуневский — «тот, кто из Лысунева». Со временем прозвище закрепилось за потомками и стало фамилией.

Менее вероятная, но допустимая версия: фамилия могла возникнуть у священнослужителей. В семинарской среде нередко «переводили» прозвище на латинский или польский лад, либо образовывали фамилию от названия храма. Однако для Лысуневского нет никаких данных о связи с церковным праздником или иконой, поэтому версия с топонимом выглядит убедительнее.

Суффикс «-ский» в этой фамилии — не просто красивое окончание. В XVIII–XIX веках он указывал на определённый социальный статус: такие фамилии чаще носили дворяне и шляхта. Но не стоит думать, что все Лысуневские — потомки аристократов. После разделов Польши многие крестьяне и мещане тоже получали фамилии с «-ский» при переписях, просто по месту жительства. Так что предки Лысуневских могли быть как мелкими землевладельцами, так и крестьянами, переселившимися из деревни с таким названием.

Встречаемость фамилии очень низкая. Она почти не фиксируется в современных российских справочниках, что говорит либо о её угасании, либо о сосредоточении в узком регионе — скорее всего, на западе Беларуси или в Польше. В русском языке фамилия сохранила польское написание с «е» после «в», хотя по правилам русской орфографии ожидалось бы «Лысуновский». Это ещё один аргумент в пользу её западного происхождения.