Фамилия Лысюн — хороший пример восточнославянской фамилии, образованной не от имени, а от прозвища. Её основа — прилагательное «лысый», а суффикс -юн указывает на носителя признака. В русском языке этот суффикс (как в словах «горбун», «толстун», «ворчун») придаёт слову значение лица, которое постоянно или ярко обладает этим качеством. Таким образом, Лысюн — это тот, кто лыс, то есть человек с заметной лысиной или вообще без волос на голове.

Важно, что -юн — не самый частый фамильный суффикс. Гораздо больше фамилий на -ов/-ев (Лысов) или -ин (Лысин). Суффикс -юн, скорее, встречается в украинской ономастике, где он продуктивен при образовании прозвищ (сравните: Хитрун, Веселун, Мовчун). Поэтому фамилия Лысюн имеет явные украинские или южнорусские корни. В России она распространена не повсеместно, а сосредоточена в южных областях — на Кубани, в Ростовской области, а также в Белгородской и Воронежской, что подтверждает её связь с украинским языковым влиянием.

Прозвище Лысый в старину давали не только из-за облысения. Лысина могла быть следствием болезни, травмы, а иногда — частью внешности от рождения. В некоторых говорах «лысым» называли человека с белым пятном на голове или даже скотину с отметиной. Но в основе фамилии — конкретный, видимый признак, который закрепился за человеком и перешёл к его потомкам. Фамилия не отражает ни занятия, ни социального статуса предка — только его внешность, которая когда-то показалась окружающим достаточно характерной, чтобы стать родовым именем.

В современных телефонных справочниках и базах данных фамилия Лысюн встречается нечасто, что говорит о её относительной редкости. Её носители — в основном потомки тех, кто получил это прозвище несколько веков назад, вероятно, в среде крестьян или казаков южных земель.