Фамилия Лытунин звучит нестандартно для русского уха, и это не случайно. Её основа — не имя и не профессия, а прозвище, причём довольно редкое. В центре внимания — слово «лытун» или «лытун», которое в старых русских говорах означало «увалень», «лентяй», «человек, который лениво ходит, тащится», а в некоторых диалектах — «беглец» или «бродяга». То есть Лытуниным могли прозвать либо нерасторопного, вялого человека, либо, наоборот, того, кто постоянно скитался, уклонялся от работы или семьи.

Суффикс «-ин» указывает на типичную русскую модель образования фамилий от прозвищ, оканчивающихся на «-а» или «-я»: Лытуня — сын Лытуни, то есть «Лытунин». В отличие от фамилий на «-ов» (от основ на согласный), эта модель часто встречалась в северных и центральных губерниях России, где к человеку обращались по имени-отчеству с суффиксом «-ин». Если бы прозвище звучало как Лытун, фамилия была бы Лытунов, но форма Лытунин закрепилась именно от уменьшительно-пренебрежительного варианта.

Интересно, что корень «лыт-» имеет параллели в других славянских языках. В польском «łyt» — «плетень», «ленивый», в украинских диалектах «литати» — «бродить», «шататься». Это роднит фамилию с целым гнездом однокоренных: Лыткин, Лытаев, Лытов. Все они восходят к одному семантическому полю — либо лень, либо бродяжничество. При этом версия о происхождении от имени Лыт (краткая форма от редкого крестильного имени, например, Гликерий) маловероятна — такие имена не давали прозвищной основы с отрицательным оттенком.

Географически фамилия Лытунин редкая, но встречается в основном в центральных областях России, особенно в Тверской, Ярославской и Московской губерниях, где диалектное слово «лытун» было в ходу. Носители фамилии, скорее всего, были крестьянами или мещанами, получившими фамилию не по наследству, а по уличному прозвищу, которое затем закрепилось за родом. Исторических документов о конкретных Лытуниных в дворянских родословных книгах нет — фамилия осталась в простонародной среде.