Фамилия Любонько образована от мирского имени или прозвища, в основе которого лежит прилагательное «любый» — «любимый, милый, возлюбленный». Такие имена, выражающие родительскую нежность, давали долгожданным детям, особенно первенцам, чтобы подчеркнуть их особое положение в семье. Однако не стоит исключать и прозвищное происхождение: Любонько могли называть человека отзывчивого, доброго, приятного в общении — того, к кому тянулись окружающие.

Модель образования фамилии характерна для западнорусских и украинских земель, где распространён уменьшительно-ласкательный суффикс -оньк-/-еньк-. В русской ономастике эта модель встречается реже, чем в украинской, что даёт основание предполагать преимущественно украинские или белорусские корни носителей фамилии. В документах XVII–XVIII веков подобные именования фиксировались как патронимы, а позже закрепились в качестве фамилий.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Любимов, Любавский, Любченко — показывает, что Любонько стоит особняком благодаря своему редкому суффиксу. В отличие от более частотных вариантов, эта форма сохранила ярко выраженный ласкательный оттенок, что делает её уникальной среди «любовных» фамилий.