Фамилия Любухины (в документах чаще встречается в форме мужского рода — Любухин) образована от прозвища Любуха. В основе лежит корень «люб-», который в славянских языках связан с понятиями любви, симпатии, привязанности. Прозвище Любуха, скорее всего, дали милому, приятному в общении или симпатичному внешне человеку.

Вероятна и другая, более конкретная версия происхождения. В белорусском языке есть слово «любач», что означает «милый». Прозвище Любуха могло быть его народной, разговорной формой. Оба варианта сходятся в одном: фамилия указывает на характер или внешность предка — человека, которого окружающие называли ласково и тепло.

Словообразовательная модель проста и типична для русских фамилий: к основе прозвища Любух- добавили суффикс принадлежности -ин. Такая модель в XVI–XVII веках была распространена в центральных и северных областях России. Фамилии на -ин образовывали от прозвищ и имён, оканчивающихся на -а или -я (в отличие от фамилий на -ов/-ев, которые крепились к основам на согласный). То есть Любухин буквально означает «сын Любухи» или «человек из рода Любухи».

Стоит обратить внимание на редкий для центральной России суффикс прозвища -ух(а). Он придаёт слову оттенок просторечия и фамильярности, часто встречается в северных и северо-западных говорах (сравните: крикуха, толстуха). Это позволяет предположить, что географические корни фамилии — не южные и не восточные области, а скорее новгородские или псковские земли, откуда такая модель прозвищ расходилась вместе с переселенцами.

Точное время возникновения фамилии Любухин установить сложно. Процесс закрепления фамилий у крестьян и посадских людей растянулся на несколько столетий и завершился в основном к XIX веку. Однако как памятник славянской письменности и культуры фамилия сохранила для нас старое народное прозвище — доброе, без насмешки, а с теплотой.