Фамилия Любухина, при взгляде на её окончание, сразу указывает на женскую линию рода — это форма женской фамилии, образованная по модели «чей?»: чья? — Любухина. Мужской вариант, соответственно, Любухин. Основа фамилии — прозвище или неканоническое имя Любуха. В русской ономастике суффикс -ух- встречается реже, чем стандартные -к- или -ш-, и обычно придаёт слову оттенок просторечия, ласкательности или, наоборот, пренебрежения.

Самое прямое объяснение прозвища лежит на поверхности: «любуха» — тот, кого любят, милый, приятный человек. В белорусском языке, как и в некоторых южнорусских говорах, слово «любух» действительно означает «милый», «возлюбленный». Прозвище могли дать человеку за его привлекательную внешность, добрый нрав или за то, что он был всеобщим любимцем. В этом случае фамилия описывает не столько профессию или место жительства, сколько личную характеристику предка.

Есть и вторая, более глубокая версия, связанная с крестильным именем. В народной среде полные церковные имена часто сокращали и переделывали на свой лад. Имя Любовь, которое в святцах связано с мученицей Любовью Римской (казнённой вместе с сёстрами Верой и Надеждой в II веке), в быту могло превратиться в Любаву, а оттуда — в Любуху. Именины Любови отмечаются 30 сентября (17-го по старому стилю). Если следовать этой версии, то Любуха — это не прозвище, а домашняя, обиходная форма крестильного женского имени, и фамилия Любухин/Любухина образована от имени матери или бабушки. Такие «матронимические» фамилии встречаются реже отчеств по отцу, но они существуют и часто указывают на особую роль женщины в семье или на то, что ребёнок воспитывался одной матерью.

Таким образом, фамилия Любухина двузначна по своей природе: она может быть как прозвищной (от черты характера), так и именной (от канонического имени Любовь). Спор между версиями решается в пользу первой, прозвищной, поскольку она более универсальна и не привязывает фамилию к конкретному женскому имени, но и вторая имеет право на существование, особенно если в роду сохранились предания о женщине по имени Любава или Любуха.