Фамилия Любушкина образована от прозвища или имени Любушка — так в старину ласково называли и женщину по имени Любава (от общеславянского «любящая, любимая»), и мужчину по имени Любомир. Скорее всего, в основе лежит женское имя, потому что суффикс -ушк- в русской традиции чаще прикреплялся к женским основам. Любушка — это не просто сокращение, а форма, которая могла закрепиться за человеком как домашнее прозвище, а затем перейти к детям.

Фамилия построена по типичной для русских фамилий модели: основа Любушк- + суффикс -ин, указывающий на принадлежность («чей?» — Любушкин). Окончание -а — это уже грамматический род, форма жены или дочери: Любушкина буквально значило «жена или дочь Любушки». Такие фамилии на -ин обычно получали потомки по мужской линии, но в данном случае исходное прозвище могло принадлежать женщине, что реже, но встречается в северных и центральных русских говорах.

Интересно, что фамилия Любушкина — не единственная в этом ряду. Есть однокоренные Любавин, Любавцев, Любушкин, и все они восходят к одному корню -люб-, который в древнерусских именах был очень продуктивен. Любушка могла быть и самостоятельным нецерковным именем, которое давали ребёнку как пожелание счастливой, любимой жизни. В документах XV–XVII веков встречаются крестьяне и посадские люди с именем Любушка, но точное место и время возникновения конкретно этой фамилии можно установить только по генеалогическим записям конкретной семьи.