Фамилия Любушкин образована от уменьшительно-ласкательного имени Любушка. В основе лежит общеславянский корень «люб-» со значением «любить, любимый». Это краткая форма сразу двух полных имён: женского Любава (означающего «любящая») и мужского Любомир («любящий мир»). Фамилия закрепилась по отчеству: «чей?» — Любушкин, то есть сын, потомок Любушки.

Разберём словообразовательную модель. Суффикс -ин указывает на принадлежность, в отличие от более распространённого -ов. Фамилии на -ин в русском языке обычно образовывались от имён и прозвищ, оканчивающихся на -а или -я: Любушка → Любушкин. Это одна из древних моделей, характерная для северных и центральных регионов России.

Исходное прозвище Любушка могли дать ласковому, приветливому человеку — как мужчине, так и женщине. В быту XV–XVII веков нецерковные имена-обереги с корнем «люб» встречались часто: их давали, чтобы ребёнок рос любимым и сам умел любить. Со временем прозвище превратилось в фамилию, которая уже не зависела от характера носителя.

В ономастических справочниках фамилия Любушкин не относится к самым частым, но встречается в Поволжье и на Урале. Сравните с однокоренными Любавцев, Любимов, Любушкин — все они восходят к разным формам того же корня, но различаются суффиксами, что говорит о независимом возникновении в разных местностях.