Фамилия Любушин образована от нецерковного имени или прозвища Любуш, а то, в свою очередь, — от древнего женского имени Любуша. Это уменьшительная форма от общеславянского имени Любава, в основе которого лежит корень «люб» со значением «любящая, любимая». Такой способ словообразования — от женского имени через отчество — встречается реже, чем патронимы от мужских имён, и указывает, что родоначальником мог быть сын или потомок женщины по имени Любуша. Суффикс -ин прямо говорит о принадлежности: «чей?» — Любушин, то есть сын Любуши.

В русской ономастике фамилии на -ин обычно образовывали от основ, оканчивающихся на -а или -я. В данном случае основа Любуш- дала форму Любушин, что типично для северных и центральных регионов России, где такие модели были особенно распространены. Само имя Любуша в старину могло быть как самостоятельным, так и ласкательным вариантом имён Любовь, Любава или даже Любомира.

Есть и другая, менее вероятная версия: фамилия могла возникнуть от прозвища Любуш, данного мужчине за ласковый нрав или любвеобильность. Однако суффикс -ин чаще прикрепляется к женским основам, поэтому версия происхождения от женского имени выглядит предпочтительнее. В любом случае, корень «люб-» прочно связывает фамилию с кругом понятий любви и привязанности, что роднит её с однокоренными фамилиями Любавский, Любавин, Любушкин.

Искать носителей фамилии Любушин стоит в первую очередь в центральных областях России и Поволжье — именно там фиксируются наиболее ранние упоминания подобных патронимов.