Фамилия Любушкины — редкий пример метронимической фамилии, то есть образованной не от имени отца, а от имени матери. В основе лежит имя Любушка, которое было краткой, ласковой формой от женского имени Любава (общеславянское «любящая, любимая») или от мужского имени Любомир. В старину женщину с таким именем могли называть Любушкой в быту, а её дети и внуки получали прозвище Любушкин — «чей?» — «сын Любушки». Со временем это прозвище закрепилось как наследственная фамилия.

Формант -ин в фамилии указывает на принадлежность: в отличие от фамилий на -ов/-ев, которые чаще образовывали от мужских имён на согласный, суффикс -ин типичен для основ на -а/-я. Поэтому Любушкины — это буквально «те, кто из рода Любушки».

Интересно, что фамилия сохранила архаичную форму множественного числа — Любушкины. В русской традиции фамилии на -ы/-и (типа Бобровы, Смирновы) указывали на целый род или семью, а не на одного человека. Такой вариант обычно встречается в крестьянской среде, где фамилию носили все домочадцы сразу, и при переписях её записывали во множественном числе.

Географически фамилия редкая. Основные следы ведут в центральные и северные регионы России, где были сильны традиции нецерковных имён и прозвищ. Любава — имя дохристианское, славянское, поэтому фамилия могла возникнуть ещё в допетровскую эпоху, когда такие имена давали наравне с крестильными.

В ономастике фамилию Любушкин относят к «материнским» фамилиям — немногочисленной группе, где родство считали по женской линии. Это могло означать, что мать в семье была вдовой, имела особый авторитет или происходила из более знатного рода. В любом случае, фамилия Любушкины — живое свидетельство того, что в русском быту ценили не только отчество, но и материнское имя.