Фамилия Любышко звучит непривычно для русского уха — и это главная подсказка. Её выдает суффикс -ко, который в восточнославянских фамилиях почти всегда указывает на украинское или белорусское происхождение. В этих землях -ко было уменьшительным или фамильярным окончанием, которое присоединяли к именам, прозвищам и названиям занятий. Так что носитель фамилии Любышко, скорее всего, происходит с территории современной Украины или юго-западной Беларуси.

Основа фамилии — «Любыш» или «Любыша». Это древнерусское нецерковное имя или прозвище от корня «люб-» (любить, милый). В старину на Руси было много «любовных» имён: Любим, Любава, Любомир. Любыш — одна из таких форм, означавшая «любимый», «дорогой», «тот, кого любят». Суффикс -ыш придавал оттенок ласкательности или указывал на человека, обладающего этим качеством в высокой степени. Встречаются и параллельные фамилии — Любимов, Любавин, Любушкин, но Любышко стоит особняком именно из-за региональной огласовки.

Словообразовательная модель простая: прозвище Любыш + патронимический суффикс -ко, который в украинской традиции заменял русское -ов/-ев. То есть Любышко буквально значит «сын Любыша» или «маленький Любыш». Со временем суффикс перестал осознаваться как «сыновний» и закрепился в родовом прозвании.

В письменных источниках фамилия встречается редко, что говорит о её локальном бытовании. По косвенным данным, Любышко фиксируется в основном в западных областях Украины и среди переселенцев в Сибирь и на Дальний Восток в конце XIX — начале XX века. Никакого отношения к знаменитому русскому роду Любышко нет — это не дворянская фамилия, а крестьянская или казачья, образованная от личного прозвища.

Споров вокруг происхождения немного: корень прозрачный, суффикс — типичный для региона. Единственная альтернативная версия — связь с диалектным словом «любыш» (вид растения или птицы в некоторых говорах), но она слабая, так как прозвища от названий растений редко оформлялись суффиксом -ыш. Правдоподобнее считать, что предок носителя фамилии был просто любимым человеком в своей общине — или носил имя Любыш по языческой традиции.