Фамилия Люфанов — довольно редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. В основе, скорее всего, лежит прозвище или неканоническое имя Люфан, которое могло образоваться от диалектного слова «люфан» — так в некоторых северных и сибирских говорах называли болтуна, пустомелю или человека, который говорит невпопад, «люфу гонит». Глагол «люфырить» (или «люфонить») означал «пустословить, говорить вздор». Если принять эту версию, то Люфанов — потомок того, кого в округе прозвали за болтливость или несерьёзность.

Менее вероятная, но возможная версия связывает фамилию с тюркским или арабским именем Люфан (вариант Лутфан), образованным от корня «лютф» — «доброта, благосклонность». В этом случае фамилия могла появиться у выходцев из татарской или башкирской среды, принявших православие. Однако в русских переписных книгах XVII–XVIII веков такая основа почти не встречается, поэтому версия с диалектным прозвищем выглядит предпочтительнее.

Суффикс -ов указывает на типичную модель русской фамилии, закрепившуюся в XVI–XVII веках. Это значит, что первый носитель фамилии (Люфан) был человеком незнатного происхождения — крестьянином, посадским или служилым человеком. Географически фамилия тяготеет к северным регионам России, в частности к Архангельской и Вологодской губерниям, где диалектное слово «люфан» было в ходу.

В написании фамилии важно не путать её с более распространённой Лофанов (от «лоф» — неуклюжий человек) или Любанов (от уменьшительного имени Любан). Люфанов стоит особняком — это не «уменьшительная» форма имени, а прямое прозвище по речевому поведению. Никаких известных дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано, что подтверждает её «простонародное» происхождение.