Фамилия Люиндин — редкая и нестандартная по своему словообразованию. Если отбросить типичный русский фамильный суффикс -ин (указывающий на принадлежность: «чей?» — Люиндин), в основе остаётся корень Люинд-. Это неканоническое имя и не распространённое прозвище, что сразу наводит на мысль об искажении или диалектном варианте.

Скорее всего, перед нами фонетическая переделка фамилии Любимов или Любин. В русских говорах, особенно северных и вологодских, звук «б» перед глухими или в слабой позиции часто оглушается в «п»: «любить» произносили как «люпить». Отсюда могло возникнуть прозвище Люпа, Люпка, а затем, с добавлением суффикса -ин, — Люпин. Но в фамилии Люиндин мы видим не просто «п», а цепочку «инд», что выглядит как результат дальнейшего искажения: Люпин → Люпиндин (с наращением -д- по аналогии с фамилиями вроде Голдин, Холдин) → упрощение «пи» в «и» — Люиндин. Такое «съедание» слогов характерно для устной передачи фамилии в малограмотной среде, когда писарь записывал на слух то, что слышал от крестьянина.

Другая, менее вероятная версия — связь с редким финно-угорским корнем. На территории бывшей Вологодской и Архангельской губерний встречались субстратные названия, оканчивающиеся на -инда (например, река Люнда). Фамилия могла возникнуть от прозвища по месту жительства — «выходец с реки Люинды». Однако гидроним Люинда нигде не зафиксирован, и это предположение остаётся умозрительным.

Суффикс -ин указывает на то, что фамилия сформировалась в среде крестьян и посадских людей, а не дворянства: такие фамилии часто давались по отцу или по прозвищу без дополнительных формальностей. Носители фамилии Люиндин, скорее всего, происходят из северных регионов России (Вологодская, Кировская области), где говор «окающий» и ослабление согласных давали множество подобных искажений. В современных справочниках фамилия встречается единично, что подтверждает её локальный характер и позднее закрепление в письменной форме.