Фамилия Люнина — это типичная русская фамилия «женского» типа, образованная по самой распространённой модели: через суффикс -ин от мужской фамилии Люнин. Носительница такой фамилии — потомок человека, которого в документах или в быту записали как Люнин. Соответственно, чтобы понять корень, нужно разобрать мужской вариант.

Основа фамилии — личное имя или прозвище Луня или Люня. В русской ономастике это краткая, уменьшительная форма от крестильного имени Лука (через форму Луканя — Лукьян) или от имени Леонтий (Левонтий). Имя Лука в переводе с латыни означает «свет», а Леонтий — «львиный». В народе такие сокращения были обычным делом: Луня, Люня — так звали человека в семье или в деревне, а затем прозвище закреплялось за детьми.

Есть и вторая, более редкая версия. В некоторых говорах «люня» или «луня» — это прозвище вялого, медлительного или сонного человека. Сравните: «лунить» (глазеть, зевать). Если предок получил такое прозвище за характер, фамилия могла возникнуть и от него, минуя церковное имя. Однако первая версия (от канонических имён) статистически вероятнее: большинство русских фамилий на -ин образовано именно от сокращённых форм крестильных имён.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — «Люнин», то есть сын Люни. Модель типична для северных и центральных областей России, где патронимы на -ин вытесняли фамилии на -ов. Географически фамилия Люнина (и Люнин) встречается в Вологодской, Архангельской, Кировской областях, а также в Поволжье.

Особенность фамилии в том, что её мужской вариант Люнин — сравнительно редкий. В списках известных носителей нет громких имён, что говорит о её крестьянском или мещанском происхождении: предки Люниных были, скорее всего, землепашцами или ремесленниками, а фамилия осталась локальной, не выйдя за пределы одного-двух уездов.