Фамилия Люнюков — одна из тех, где при внешней простоте корень уходит в такую глубину языка, что сразу и не разглядишь. Основа здесь — личное имя или прозвище Люнюк, а оно, в свою очередь, восходит к древнерусскому глаголу «люнуть» — однократному действию от «люнуть» (плюнуть, брызнуть слюной). В диалектах слово «люня» означало слюнтяя, вялого или плаксивого человека. Таким образом, прозвище Люнюк могли дать либо медлительному ребёнку, либо тому, кто часто хныкал, — в народной среде такие характеристики нередко становились основой для фамилий, особенно в северных и центральных говорах.

Суффикс -юк характерен для западнорусских, украинских и белорусских земель, где он часто выполнял уменьшительную или пренебрежительную функцию. Фамилия Люнюков образована по типичной русской модели: к основе Люнюк добавили патронимический суффикс -ов, означающий «сын Люнюка». То есть первый носитель фамилии, скорее всего, был сыном человека с прозвищем Люнюк. Встречается и вариант написания с одной «н» — Лююков, но он крайне редок и может быть результатом описки в документах XIX века.

Интересно, что в ономастических справочниках фамилия почти не упоминается — её нет ни в словаре Унбегауна, ни в работах Никонова по массовым фамилиям. Это указывает на локальное бытование: вероятно, Люнюковы — выходцы из одной или нескольких соседних деревень, где прозвище закрепилось за целым родом. Географически следы ведут в Псковскую и Смоленскую области, где суффикс -юк встречается особенно часто. Там же, кстати, фиксируется фамилия Люнюк (без окончания), а Люнюков — её русифицированная форма, появившаяся при переписях, когда крестьянам «навешивали» стандартное окончание -ов.

Несмотря на нелестную основу, в фамилии нет ничего оскорбительного: прозвища давали по внешним или поведенческим чертам, и со временем они утрачивали прямую связь с качеством. Предок Люнюков мог быть просто тихим, незлобивым человеком — диалектное значение иногда смягчалось до «тихоня» или «домосед». В любом случае, фамилия сохранила редкий глагольный корень, который в современном языке почти исчез, и в этом её языковая ценность.