Фамилия Люшенина — женская форма фамилии Люшенин, и её разбор стоит начать не с корня, а с суффикса. Суффикс -ин указывает на принадлежность: в русской традиции такие фамилии образовывались от прозвищ или мирских имён, оканчивающихся на -а или -я. Основа «Люшен-» в мужском варианте превращалась в «чей? — Люшенин», то есть «сын Люшени» или «человек из рода Люшени». Женская форма, соответственно, означает «дочь» или «жена» того же Люшени.

Сама основа Люшен- — тёмная и редкая. Вероятнее всего, это усечённая или диалектная форма прозвища, связанного с глаголом «люшить». В северных и сибирских говорах «люшить» означало «качать, колебать, шатать» (например, «люшить люльку» — качать колыбель). Прозвище Люшеня могли дать человеку с неуверенной, шаткой походкой, либо тому, кто постоянно что-то раскачивал — например, плотнику, работавшему с подвесными конструкциями. Менее вероятна связь с диалектным «люша» — так в некоторых областях называли лягушку; прозвище могло быть шутливым или презрительным, но это скорее исключение.

Географически фамилия Люшенин (и Люшенина) встречается в основном в центральных и северных регионах России, особенно в Вологодской и Архангельской областях. Это подтверждает её связь с северными говорами: именно там глагол «люшить» был распространён. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые часто образовывались от полных крестильных имён, фамилии на -ин от прозвищ с конечным -я характерны для незнатных, крестьянских и посадских родов.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Люшин, Люшинцев — показывает, что корень «люш-» в русской ономастике редок и почти всегда связан с диалектной лексикой, а не с церковными именами. Таким образом, родоначальник Люшениных, скорее всего, жил на Русском Севере, носил прозвище Люшеня и занимался простым крестьянским трудом — возможно, плотницким или строительным. Споров о происхождении фамилии практически нет: все версии укладываются в одну диалектную группу, и альтернативные гипотезы (например, от тюркского или финно-угорского корня) выглядят натянутыми без документальных подтверждений.