Фамилия Лююшина — редкий случай в русской ономастике, где написание почти полностью совпадает с произношением, а корень вызывает больше вопросов, чем ответов. Сразу бросается в глаза двойное «ю»: в русском языке это нетипично. Обычно такие сочетания возникают либо в заимствованиях (из финно-угорских, тюркских языков), либо в результате диалектного произношения, либо как искажение исходной формы при переписи.

Словообразовательная модель проста: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?»). Лююшина — женская форма, мужская — Лююшин. Основа «Лююш-» — это, скорее всего, вариант личного имени или прозвища. Самая вероятная версия: перед нами диалектная форма от канонического имени Лукьян (лат. Lucianus — «светлый»). В русских говорах имя Лукьян нередко превращалось в Люкьян, Люкян, а уменьшительные формы давали Люкша, Люкшата, Люкшун. Отсюда один шаг до «Лююша» — ласкательного обращения, где двойное «ю» могло закрепиться на письме как отражение мягкого, «юкающего» произношения (ср. с северными говорами, где «у» после мягких согласных звучит как «ю»).

Менее вероятная, но допустимая версия — связь с диалектным глаголом «люлюкать» (укачивать, баюкать) или существительным «люлька» (колыбель, а позже — курительная трубка). В этом случае прозвище Люлюша (Лююша) мог получить человек, который любил петь колыбельные, качать детей или, наоборот, имел привычку курить трубку. Однако для фамилии такая основа встречается реже, чем производная от имени.

География фамилии, судя по скудным данным открытых источников, тяготеет к северо-западу России: единичные упоминания встречаются в Вологодской, Архангельской областях и Карелии. Это косвенно подтверждает версию о диалектном происхождении: именно в этих краях «оканье» и «юканье» давали такие фонетические формы.

Таким образом, предок современных Лююшиных, по всей видимости, был Лукьяном или его потомком, которого в деревне звали ласково Лююшей. Фамилия закрепилась за его семьёй в XIX веке, когда крестьянам массово давали фамилии по имени или прозвищу отца. Социальный контекст — крестьянская среда Русского Севера, где грамотность была низкой, а писарь записывал прозвище на слух, не заботясь о единообразии.