Фамилия Мадюськина — женская форма фамилии Мадюськин, и чтобы понять её происхождение, нужно разобрать мужской вариант. Основа фамилии — прозвище Мадюська. Оно, скорее всего, восходит к диалектному малороссийскому или южнорусскому слову «мадюсь», которое связано с глаголом «мадить» — пачкать, марать, возиться с чем-то липким или грязным. В таком случае Мадюськой могли прозвать неопрятного человека, или же того, кто работал с глиной, дёгтем, смолой — например, бондаря или колесника. Учитывая, что суффикс -юськ- в прозвищах встречается нечасто, фамилия могла возникнуть в среде, где были распространены уменьшительно-пренебрежительные формы имён и прозвищ с этим суффиксом, что характерно для украинского и белорусского языкового влияния.

Словообразовательная модель проста: к основе Мадюсь- добавился суффикс -к- (указывающий на принадлежность к кому-то), а затем родовой суффикс -ин, типичный для русских фамилий, образованных от прозвищ на -а/-я. Таким образом, Мадюськин буквально означает «сын Мадюськи» или «человек из рода Мадюськи». Фамилия редкая и территориально привязанная: по данным современных телефонных справочников и баз переписи, носители фамилии Мадюськины встречаются в основном в Центральной России, особенно в Тверской и Московской областях, а также в восточных регионах Украины. Это подтверждает версию о её южнорусских или украинских корнях.

Существует и менее вероятная версия: происхождение от канонического имени Матфей через уменьшительную форму Мадюся (где «д» появилось в результате диалектного смягчения «т»). Однако такая трансформация для русского языка нехарактерна, и гораздо логичнее связывать фамилию с прозвищем по роду занятий или внешности. В любом случае, Мадюськина — это фамилия, которая прямо указывает на конкретного предка по мужской линии, носившего необычное прозвище, и сохранилась в узком круге семей, не получив широкого распространения.