Фамилия Мафас — один из тех редких случаев, когда носитель фамилии почти наверняка может сказать, что его предки не были русскими по происхождению. В исконно русской ономастике такой основы нет: слово «мафас» не встречается ни в древнерусских говорах, ни в профессиональной лексике, ни в прозвищах. Корень фамилии — иноязычный, и география её бытования это подтверждает.

Наиболее вероятное объяснение — арамейское или древнееврейское происхождение. Имя Мафас (варианты: Матат, Матфей, Матфий) восходит к библейскому имени, означающему «дар Божий». В таком случае фамилия образована напрямую от личного имени без добавления типичных русских суффиксов (-ов, -ин, -ский), что характерно для фамилий, которые зафиксировали исходную форму имени в среде, где русская словообразовательная модель не применялась. Это могли быть греческие, еврейские или караимские общины на территории Российской империи.

Другая, менее распространённая версия, связывает фамилию с тюркскими языками. В некоторых тюркских диалектах «мафас» (или «мапас») могло означать «медлительный», «неповоротливый» или быть прозвищем с похожей звуковой формой. Однако эта гипотеза слабее: у неё нет устойчивой лексической опоры в известных тюркских словарях, и она не объясняет, почему фамилия встречается преимущественно у народов, исповедующих иудаизм, а не ислам.

Фамилия Мафас — редкая, её носители в основном сосредоточены на юге России и в Закавказье, что косвенно указывает на пути миграции общин, где имя было распространено. В отличие от большинства русских фамилий, которые рассказывают о ремесле или отце, Мафас — это прямое имя предка, почти не тронутое местной грамматикой.