Фамилия Магдулины — редкий пример метронимической фамилии, то есть образованной не от имени отца, а от имени матери. В русской традиции такие фамилии встречаются реже отчества на -ов/-ев и -ин, и их происхождение почти всегда указывает на особую роль женщины в семье: возможно, мать была вдовой или пользовалась большим авторитетом.

В основе фамилии лежит имя Магдуля — народная, уменьшительная форма крестильного имени Магдалена. Само Магдалена восходит к евангельской Марии Магдалине, а топоним Магдала, с иврита, означает «башня» или «крепость». Таким образом, по первой версии, Магдулины — это потомки женщины, которую в быту звали Магдулей.

Существует и иная, менее вероятная гипотеза: что фамилия происходит от арабского составного имени Магдул, где Магди означает «ведущий по пути истины», а Улла — «Аллах». Однако против этой версии говорит типично славянский суффикс -ин, который в русских фамилиях указывает на принадлежность («чей?» — Магдулин сын). Имя Магдул в русском быту не встречается, а вот женское имя Магдуля — вполне возможно, как ласкательный вариант. Поэтому первая версия выглядит убедительнее.

Фамилия Магдулины — нечастая. Её носители, скорее всего, выходцы из южнорусских или украинских областей, где метронимические фамилии встречались чаще, а имя Магдалена было распространено в народных формах (Магда, Магдя, Магдуля). В документах фамилия могла записываться по-разному: Магдулин, Магдулина, Магдулины — в зависимости от того, о ком шла речь: о мужчине, женщине или всей семье.

Словообразовательная модель проста: основа Магдул- плюс суффикс -ин, указывающий на принадлежность. В современном русском языке фамилия склоняется как обычное притяжательное прилагательное: нет Магдулина, дать Магдулину, говорить о Магдулине.