Фамилия Магдины (в исходной форме Магдин) образована от личного имени или прозвища, но единого мнения о её происхождении нет. Чаще всего её связывают с женским именем Магда — сокращённой формой от Магдалена. В переводе с иврита Магда означает «башня», «крепость», а Магдалена — «из города Магдалы», название которого восходит к тому же корню. По этой версии, фамилия указывает на то, что предка могли назвать в честь святой Марии Магдалины, либо в семье дали имя Магда по библейской традиции.

Есть и другие версии. Согласно одной из них, в основе фамилии лежит арабское слово «магди» — так в исламе называют мессию, который должен установить царство божие на земле. Эта гипотеза возможна, если предки носителей фамилии были связаны с мусульманской культурой или жили на территориях с сильным арабским влиянием. Третья версия отсылает к немецкому корню Magd — «служанка», «девушка». В таком случае фамилия могла указывать на род занятий: например, предок был работником по найму или происходил из семьи, где женщины служили в богатых домах.

Словообразовательно фамилия Магдин построена по типичной русской модели: к основе на -а (Магда) прибавлен суффикс -ин, означающий принадлежность («чей?» — Магдин, то есть сын Магды). Такая модель характерна для фамилий, образованных от женских имён, что бывает реже, чем от мужских, но встречается, особенно если мать играла заметную роль в семье или была вдовой. Суффикс -ин указывает на то, что фамилия складывалась в славянской среде, скорее всего, на территории России или Украины.

Точное время и место возникновения фамилии Магдин установить сложно. Она не относится к числу массовых, встречается рассеянно, что говорит о её относительно позднем оформлении или узком ареале бытования. В любом случае, фамилия Магдин — пример того, как в одном слове могут пересекаться библейские, арабские и европейские языковые следы, отражая сложную историю семьи.