Фамилия Магдина — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. В первую очередь она привлекает внимание суффиксом -ин, который в русской модели указывает на принадлежность: «чей?» — «магдин». Такая форма обычно означала сына или потомка человека, которого в основе звали Магда или Магд.

Ключевой вопрос — что стоит за этим именем или прозвищем. Самая вероятная версия отсылает к женскому имени Магда, сокращённой форме от Магдалина. В русской традиции так могли назвать девочку в память о святой Марии Магдалине. Если фамилия Магдина происходит от женского имени, это указывает на то, что её родоначальником мог быть человек, которого в быту звали по матери: «Магдин сын» или «Магдина дочь». Такие «матронимические» фамилии встречаются реже отчеств от мужских имён, но в крестьянской среде, особенно если мать была вдовой или имела сильный характер, такое прозвище закреплялось за детьми.

Менее очевидная, но возможная версия — связь с тюркским корнем. В татарском и башкирском языках есть слово «магди» (магъди), означающее «дающий», «одаряющий», а также как вариант имени Магди — арабского происхождения, родственного имени Махди («ведомый верным путём»). В этом случае фамилия Магдина могла возникнуть в среде татар или башкир, принявших православие, и уже потом русифицироваться с помощью суффикса -ин.

Географически фамилия встречается в Поволжье и некоторых областях Центральной России, но без ярко выраженного ареала. В архивных записях XIX века она почти не попадается, что подтверждает её редкость и, скорее всего, позднее закрепление.

С точки зрения словообразования, фамилия стоит особняком. Если бы она происходила от мужского имени Магдий, мы бы ожидали форму Магдиев или Магдьев. Форма на -ина настойчиво намекает на женскую основу. Поэтому, несмотря на соблазн связать её с тюркскими корнями, наиболее правдоподобным остаётся происхождение от имени Магда — через мать или жену предка.