Фамилия Магилкина — женская форма, а её мужской вариант — Магилкин. Эта фамилия редкая и её происхождение не лежит на поверхности, что делает разбор особенно интересным. В центре внимания — суффикс -ин, типичный для русских фамилий, образованных от названий, прозвищ или имён, оканчивающихся на -а, -я. Основа здесь — «Магилк(а)».

Самая вероятная версия связывает фамилию с прозвищем Магилка. В его основе может лежать диалектное слово «мага» или «магить». В некоторых южнорусских и украинских говорах «мага» означала «ласка», «нежность», а «магить» — «манить», «приваживать». Тогда Магилкой могли назвать ласкового, приветливого человека или, наоборот, того, кто умел задабривать и улаживать дела. Суффикс -лк- в прозвище придаёт оттенок действия или свойства: «тот, кто магит».

Менее распространённая, но допустимая версия — от имени Магила. Это могла быть народная форма редкого канонического имени, например, Магн (от лат. «великий») или Магистриан (от лат. «наставник»). В этом случае Магилкин — потомок человека по имени Магила, а суффикс -к- в основе — уменьшительный, как в фамилиях Тишкин от Тишка или Мишкин от Мишка.

География фамилии Магилкин/Магилкина — скорее всего, юг России или Украина, где диалектная лексика с корнем «маг-» встречается чаще. В центральных и северных областях эта фамилия почти не фиксируется. Социальный контекст: суффикс -ин указывает на недворянское происхождение, скорее всего, крестьянское или мещанское. Предки носителя фамилии могли быть людьми, получившими прозвище за свой мягкий нрав или особый дар убеждения.