Фамилия Магилина — яркий пример того, как женская форма может скрывать мужскую основу. Перед нами типичная «матронимическая» фамилия, то есть образованная не от имени отца, а от имени или прозвища матери. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Магилин, а его женский вариант — Магилина. В русской традиции такие фамилии давали детям, если мать играла ключевую роль в семье (например, была вдовой) или если её личное имя было более узнаваемым, чем имя отца.

Основа фамилии — женское имя Магила. Это неканоническое, разговорное имя, которое могло быть производным от канонического Магдалина (через усечение «Магд-» → «Маг-»). В простонародье имя Магдалина, известное по библейской Марии Магдалине, нередко сокращали до Магда, Магдя, а в некоторых говорах — до Магила. Связь с «магилой» (могилой) маловероятна: хотя такое прозвище теоретически возможно (по месту жительства у кладбища или мрачному характеру), оно было бы крайне редким и скорее осталось бы в форме Магилов/Магилина с другим смысловым оттенком.

Географически фамилия тяготеет к южнорусским и украинским областям, где имя Магдалина было более распространено, а также к старообрядческим общинам, где любили старинные и редкие формы имён. Встречается она нечасто, что подтверждает её происхождение от локального прозвища или сокращённой формы имени, а не от массового крестильного имени.

Таким образом, предки носительницы фамилии Магилина, скорее всего, были людьми, чью мать или бабушку в деревне звали Магила — то есть попросту Магдалиной. Фамилия хранит память о конкретной женщине, чьё имя в бытовом произношении обросло местным говором и со временем закрепилось за целым родом.