Фамилия Магилин — одна из тех, чью основу можно истолковать по-разному, и это делает её особенно интересной для этимолога. Словообразовательная модель здесь проста: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?»), то есть фамилия образована от личного имени или прозвища Магила. Спор как раз в том, что означало это исходное слово.

Самая вероятная версия отсылает к древнерусскому или диалектному «магила» — так в некоторых говорах называли могилу или курган. Прозвище Магила могли дать человеку угрюмому, молчаливому или, наоборот, тому, кто жил рядом с кладбищем (например, сторож или могильщик). В пользу этой гипотезы говорит то, что в русских фамилиях встречаются однокоренные варианты: Могилин, Могилёв. Чередование «о/а» в корне — явление нередкое для народной речи, особенно в южнорусских и украинских говорах, где «аканье» было сильным.

Вторая версия, менее распространённая, связывает фамилию с еврейским именем Мегил (вариант имени Меир) через идиш. Однако в этом случае ожидалась бы фамилия Мегилин или Магилевич, а форма Магилин встречается и в русской, и в еврейской среде, что создаёт путаницу. Более правдоподобно, что русский корень первичен.

Географически фамилия редкая, но встречается в центральных и южных областях России, а также в Беларуси. Это намекает на то, что предки Магилиных могли быть крестьянами или посадскими людьми — прозвища, связанные с местностью или характером, чаще всего давали именно в этих сословиях. Дворянских родов с такой фамилией в исторических документах не зафиксировано, что тоже типично для «простого» прозвищного происхождения.

Если сравнивать с однокоренными, то Магилин стоит в одном ряду с Могилиным, Кургановым, Бугровым — все они образованы от названий форм рельефа или захоронений. Но в отличие от «кургана», слово «магила» почти вышло из живого употребления, сохранившись лишь в диалектах и топонимах. Поэтому фамилия Магилин — это своего рода языковой артефакт, застывший в прошлом звучании.