Фамилия Магилинский — это пример того, как живое произношение меняет письменный облик слова. Исходная форма фамилии — Могилинский, и разница всего в одной букве: «а» вместо «о». Это прямое влияние акающих говоров, где в безударном положении звук [о] переходит в [а]. То есть предки носителя фамилии произносили её как «Магилинский», а запись со временем закрепила этот вариант.

Основа фамилии — прозвище или указание на место. Скорее всего, первый Магилинский получил свою фамилию по названию села Могилино, которое находится в Русенской области Болгарии. Сам топоним Могилино образован от слова «могила». В старину у этого слова было не только привычное нам значение, но и более древнее — «курган», «холм», «насыпь». Так могли назвать село, стоящее на возвышенности или рядом с древним погребальным курганом.

Стало быть, основатель рода Магилинских — выходец из этого болгарского села. Фамилии на -ский/-ской традиционно указывали на географическое происхождение человека: откуда он родом или где владел землёй. В данном случае модель простая: Могилино → Могилинский, а затем, под влиянием аканья, — Магилинский.

Словообразовательно фамилия прозрачна: корень мог- (маг-), суффикс -ин-, принадлежащий топониму (Могилино), и типичный для дворянских и географических фамилий суффикс -ский. Такая модель была распространена в среде польской и западнорусской шляхты, а также у духовенства, но не стоит без дополнительных данных приписывать носителям фамилии конкретное сословие — фамилии на -ский бытовали и у крестьян, переселившихся из другого региона.

Встречается ли фамилия за пределами славянских стран — вопрос открытый, но её болгарский след и русская адаптация делают историю происхождения достаточно локальной и конкретной.