Фамилия Магилинский образована от прозвища Могилинский. Оно же, скорее всего, восходит к названию села Могилино, расположенного в Русенской области Болгарии. Сам топоним, предположительно, происходит от русского слова «могила», которое в старину употреблялось в значении «курган, холм». Таким образом, вполне вероятно, что основатель рода Магилинских был выходцем из этого населенного пункта. Изменение, произошедшее в графическом облике фамилии Магилинский (чередование гласных а/о), объясняется влиянием акающих говоров.