Фамилия Магицкий — редкий случай, когда прозвище или мирское имя, лёгшее в основу, почти полностью вытеснило свой исходный смысл. На первый взгляд, корень «маг» намекает на волшебника или чародея, но в русской ономастике этот путь — наименее вероятный. Скорее всего, перед нами пример адаптации иноязычного слова или имени через народную этимологию.

Наиболее правдоподобная версия — польское или западнорусское происхождение. В основе могло лежать польское «magik» (фокусник) или, что вероятнее, имя Магий (Magi), которое в православных святцах встречается крайне редко и связано с одним из волхвов, принёсших дары младенцу Иисусу. Однако в восточнославянской среде такое имя было бы единичным. Гораздо чаще фамилию выводили от прозвища, данного человеку с необычными, «колдовскими» способностями — знахарю, заговорщику или просто хитрому, изворотливому человеку. Суффикс -цк- (в форме -ский) указывает на шляхетский или, как минимум, польский способ образования фамилий, что типично для земель бывшей Речи Посполитой.

Есть и вторая, более прозаичная гипотеза. Фамилия могла возникнуть от географического названия — например, села Магице или Магичи. В таком случае Магицкий — это «тот, кто родом из Магиц». Подобная модель (на -ский) была распространена у духовенства и дворянства, но встречалась и у крестьян, переселившихся из одной местности в другую. Следы таких топонимов сохранились в Польше и на западе Украины.

Искать носителей фамилии стоит в западных регионах России, Беларуси и на Украине. Встречаются Магицкие и среди петербургской интеллигенции XIX века — например, в списках студентов Духовной академии. Примечательно, что написание фамилии могло колебаться: в старых метрических книгах можно найти вариант «Магицкий» и «Магицкой» (с ударением на последний слог), что говорит о её поздней фиксации в письменных источниках.