Фамилия Магицкая — женская форма фамилии Магицкий, и её происхождение неочевидно с первого взгляда. Ключ к разгадке — суффикс -ицк-, который в русских фамилиях встречается реже, чем привычные -ов или -ский. Он характерен для фамилий, образованных от географических названий на -ицы или -ичи, и часто указывает на польское или западнорусское происхождение. Если бы основа звучала как Маг-ицк-ий, то корень «Маг-» мог бы отсылать к прозвищу или имени, но здесь скорее всего мы имеем дело с адаптацией иноземной фамилии.

Самая вероятная версия: фамилия восходит к немецкой фамилии Магиц (Magitz) или её вариантам. В Российской империи, особенно в Прибалтике и западных губерниях, немецкие фамилии нередко русифицировали, добавляя окончание -ский или -цкий. Так, Magitz превращался в Магицкий, а затем и в Магицкая. Значение исходного немецкого корня может быть связано с личным именем Магнус (от латинского «великий») или с топонимом, например, с названием города Магдебург, хотя прямая связь не доказана.

Есть и более редкая, но возможная гипотеза: основа могла произойти от прозвища «Магик» — так в старину могли назвать человека, интересующегося тайными знаниями или знахарством. Однако в русских говорах слово «магик» почти не фиксируется, а фамилии на -ицкий от прозвищ — случай нетипичный. Поэтому версия с немецким корнем выглядит убедительнее.

Географически фамилия Магицкая встречается преимущественно на юге России и в центральных областях, что косвенно подтверждает её позднее появление среди переселенцев или обрусевших иностранцев. В дворянских родословных книгах эта фамилия не значится — скорее всего, её носители принадлежали к городским сословиям или духовенству, где фамилии на -ский были особенно распространены.