Фамилия Магиря — редкий случай, когда географический акцент важнее морфологического разбора. Если не знать, откуда она родом, легко ошибиться в её происхождении. На слух фамилия звучит по-румынски или по-молдавски: окончание на -я (-а) типично для фамилий из этих языков. И действительно, основная версия ведёт к молдавскому слову «магир» — так называют человека, который варит мамалыгу или занимается приготовлением пищи. В румынском языке «magiare» означает «кушанье», «еда», а «măgăriță» — «кухонная лопатка». Предок-носитель такой фамилии, скорее всего, был поваром, стряпухой или владельцем харчевни. Модель образования здесь простая: прозвище Магиря (тот, кто магирит, то есть варит) превратилось в наследственную фамилию без дополнительных суффиксов.

Вторую версию подсказывает ареал фамилии. Встречается она не только в Молдавии, но и на юге России, особенно в Краснодарском крае и Ростовской области. Там её могли переосмыслить на русский лад. В донских говорах есть слово «магирить» — «мотать», «наматывать», а также «обманывать», «плутовать». Тогда прозвище Магиря давали человеку неспокойному, хитроватому или тому, кто любил «наматывать круги», то есть ходить без дела. Этот вариант менее вероятен, потому что фамилия явно тяготеет к молдавскому ареалу, но полностью исключать его нельзя: переселенцы с запада приносили свою фамилию, а местные жители давали ей новое звучание.

Ударение в фамилии Магиря, как правило, падает на второй слог — Маги́ря. Встречается и вариант Магиря́, но он реже. Фамилия не склоняется по падежам, если принадлежит женщине, и склоняется, если мужчине (у Магири, к Магире). В дореволюционных метрических книгах её могли записать как «Магир» или «Магирь» — окончание -я иногда отбрасывали при русификации. По сословному составу носители фамилии — в основном крестьяне и мещане, что логично для прозвища, связанного с ремеслом или бытовой чертой. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то ближе всего Магирэ (румынский вариант), Магиров (русифицированная форма) и Магирев. Последняя встречается у русских старообрядцев и могла возникнуть независимо от молдавского корня — от прозвища Магирь (от «магарыч» или «магирить» в значении «пьянствовать»). Но для фамилии Магиря первая версия остаётся основной: предок был поваром или кормильцем, и его занятие закрепилось в родовом имени.