Фамилия Магирин — это, скорее всего, вариант более распространённой фамилии Маригин, возникший из-за диалектного или бытового упрощения звучания («р» могло выпасть в потоке речи). Однако и у той, и у другой версии корень один — прозвище Марига.

Самая вероятная основа этого прозвища — глагол «марить». В словаре Владимира Даля «марить» означает «клонить ко сну, дремоте». Следовательно, Маригой в народе могли прозвать человека сонного, вялого или медлительного. Такие прозвища по характеру — частый случай в русской ономастике, они давались без злого умысла, просто как меткая бытовая примета.

Существует и вторая версия, связанная с ремеслом. Глагол «маривать» (однокоренной с «марить») имел и другое значение — «запекать, томить в закрытом сосуде». Если принять эту трактовку, то родоначальник Магириных мог быть поваром или пекарем, специалистом по блюдам, которые готовились в печи под крышкой. Эта версия менее распространена, но тоже имеет право на существование: прозвища по профессии давали не реже, чем по характеру.

Менее правдоподобна гипотеза, связывающая прозвище Марига с уменьшительной формой имени Мария. В некоторых говорах имя Мария действительно могло звучать как «Марига», но в таком случае фамилия писалась бы через «и» — Маригин, а не Магирин. Кроме того, для образования фамилий от женских имён нужны особые условия (например, внебрачное происхождение или матриархальный уклад), что для этой фамилии маловероятно.

Модель образования проста: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?»). Магирин — значит «сын Магири» (или Мариги). Это типичная патронимическая фамилия, закрепившаяся в русском быту. Встречается она преимущественно в центральных и южнорусских областях, где «акающее» произношение и выпадение отдельных звуков в фамилиях — обычное дело.