Фамилия Магницкая — женская форма фамилии Магницкий, и её происхождение напрямую связано с конкретным человеком: Леонтием Филипповичем Магницким (1669–1739). До него этой фамилии в документах не встречается. Леонтий Филиппович был великим русским математиком и педагогом, автором знаменитой «Арифметики» — учебника, по которому учился весь XVIII век. Его природные дарования и обширные познания в математике удивляли современников. Согласно преданию, при личной встрече он произвёл на царя Петра I сильное впечатление своей незаурядной учёностью, и именно Пётр I пожаловал ему фамилию Магницкий. Царь сравнил его с магнитом: как магнит притягивает железо, так Леонтий Филиппович своими способностями «привлёк внимание» государя.

Исходная фамилия Леонтия Филипповича была Телятин. Смена прозвища или фамилии на «говорящую» по царскому указу — случай для того времени редкий, но не единичный. Здесь мы видим не народную модель образования (через суффикс -ов от имени или прозвища отца), а искусственное, «кабинетное» создание фамилии от латинского magnes (магнит). Именно поэтому фамилия имеет окончание -ский, типичное для дворянских или искусственно созданных фамилий, а не -ов, как было бы в крестьянской среде.

Таким образом, Магницкая — фамилия не массовая, а восходящая к одному конкретному роду. Её носительницы — потомки (по мужской линии) человека, который сам «создал» свою фамилию и вошёл в историю русской науки. Как и в случае с фамилией Розов (от «роза», а не от имени Роза), здесь нарушена привычная логика: фамилия образована не от имени или прозвища, а от нарицательного существительного, причём через суффикс -ск-, что подчёркивает её книжное, а не бытовое происхождение.