Фамилия Махницкая — женская форма фамилии Махницкий, и её происхождение почти наверняка связано не с личным именем, а с географическим названием. Модель на -ский/-цкий в русской, украинской, польской и белорусской традициях указывает на дворянское или шляхетское происхождение, но не всегда: к XIX веку такие фамилии могли получить и крестьяне, переселившиеся из деревни с похожим названием.

Основа «Махниц-» восходит к корню «мах-», который в славянских языках многозначен. Самая прямая версия — от названия населённого пункта вроде Махница, Махничи, Махновка. Такие топонимы встречаются на территории современной Украины (например, село Махнівка в Винницкой области, ранее — местечко Махновка) и в Беларуси. Если предки носили фамилию Махницкий, велика вероятность, что они происходили из одного из этих мест.

Менее вероятная, но возможная версия — от прозвища Махна или Махно. В украинском языке «махно» — человек с длинными, косматыми волосами или неопрятный. Известный анархист Нестор Махно — не предок, а скорее поздний однофамилец по корню. Однако фамилии на -ский редко образуются напрямую от прозвищ: обычно для этого сначала появляется топоним (Махновка → Махновский → Махницкий).

Суффикс -цкий вместо -ский — результат фонетического чередования: в восточнославянских говорах «Махновский» мог упроститься до «Махницкий». Это же явление видим в фамилиях типа Городецкий (от Городец) или Трубецкой (от Трубеж).

Женская форма Махницкая закреплялась за дочерью или женой Махницкого. В документах XVIII–XIX веков такую фамилию чаще всего носили мещанки, шляхтянки или казачки — в среде, где были распространены фамилии на -ский. В современной России и Украине Махницкая встречается нечасто, но стабильно — в основном на западе Украины и в южных областях России, куда мигрировали украинские крестьяне.