Фамилия Махницке — одна из тех, что при ближайшем рассмотрении оказывается не русской, а польской или белорусской по происхождению, хотя на слух воспринимается как привычная. Ключ к её разгадке — суффикс и окончание. Форма на -цке (-цкий) характерна для шляхетских фамилий Речи Посполитой, где суффикс -ski (-ский) указывал на принадлежность к месту или роду. В русской традиции такие фамилии обычно переделывали в Махницкий, но исходный вариант Махницке — это польская или западнорусская (белорусская) огласовка, где -е — это окончание именительного падежа мужского рода в польском языке (как Познаньске, Ковальске).

Основа фамилии — «Махна» или «Махно». Это распространённое в старину прозвище, которое давали человеку с пышной, лохматой шевелюрой или бородой. Слово «мохнатый» в диалектах звучало как «махнатый», отсюда и прозвище Махна. В украинском и белорусском языках «махно» означает «мохнач», «косматый». Таким образом, первый носитель фамилии — скорее всего, человек по прозвищу Махна, а его потомки стали Махницкими (или Махницке). Суффикс -ицк- (-ick-/-icki) в польском языке часто присоединялся к основам на -а, -о, образуя фамилии по модели «сын того, кого звали Махна», то есть «Махнич» → «Махницкий». Параллель — фамилия Махницкий, которая встречается у русских, украинцев и поляков.

Географически фамилия Махницке чаще всего встречается в Польше, особенно в восточных воеводствах, а также среди потомков польской шляхты, жившей на территории современной Беларуси и Украины. В России она редка и обычно является результатом полонизации исходной формы. В XIX веке носители такой фамилии могли быть мещанами или однодворцами — потомками служилой шляхты, которая после разделов Речи Посполитой оказалась в составе Российской империи.

Спорных версий здесь немного: иногда основу связывают с уменьшительной формой имени Матвей (Махно), но это менее вероятно — прозвищная версия по внешнему признаку (лохматость) исторически распространённее и логичнее, так как корень «мохн-»/«махн-» дал много фамилий по всей славянской территории: Махнаев, Махнов, Махонин. Фамилия Махницке — просто один из вариантов, который сохранил польское окончание и суффикс, не переделанный на русский лад.