Фамилия Могилкина — женская форма, а мужской вариант — Могилкин. В основе лежит нецерковное имя или прозвище Могилка. В русской ономастике суффикс -ин указывает на принадлежность: Могилкин значит «сын Могилки» или «человек из семьи Могилки». Но что означало само прозвище?

Самая прямая версия — топографическая. Могилкой в говорах называли небольшой холм, курган или насыпь, а также кладбищенский холмик. Человек, живший у такого места или на возвышенности, мог получить прозвище Могилка. Фамилии от названий рельефа — обычное дело: Горкин, Холмкин, Бугорков. Могилкин встаёт в тот же ряд, без мистического налёта, который современный носитель может ошибочно приписать.

Вторая версия, более редкая, — уменьшительная форма от крестильного имени Могила. Имя Могила известно по документам XVI–XVII веков: так называли ребёнка, родившегося в трудное время или в семье, где дети умирали. Такое имя-оберег должно было «обмануть» смерть — считалось, что названный Могилой проживёт долго. Отсюда и Могилка как ласкательный вариант.

Фамилия Могилкина встречается преимущественно в центральных и северных областях России, особенно в бывших Владимирской и Костромской губерниях. Там слово «могилка» в значении «холмик» было в ходу до XX века. В южных говорах её почти нет — там преобладают формы от «могила» в значении «курган» (Могилёв, Могильный).

Социальный состав носителей фамилии — в основном крестьяне и мещане. В дворянские родословные книги Могилкины не попали. Ударение, скорее всего, падает на второй слог: Моги́лкина, хотя в некоторых говорах могли произносить Могилкина́. Спорных или экзотических версий у фамилии нет — она прозрачна и укладывается в типовую модель русских фамилий от географических прозвищ.