Фамилия Могилкин напрямую связана с прозвищем Могилка, а то, в свою очередь, — с нарицательным «могила». Значение кажется мрачным, но в старину прозвища не были обидными: так могли назвать человека за характер, внешность или род занятий. Поэтому первая и самая вероятная версия — «профессиональная». Могилкой в народе нередко называли могильщика, того, кто копал могилы. В таком случае основатель рода Могилкиных занимался этим нелёгким ремеслом, и прозвище закрепилось за ним, а затем перешло к потомкам в форме отчества: сын Могилки стал Могилкиным.

Словообразовательная модель здесь простая и типичная для русских фамилий: к основе Могил- добавляется уменьшительный суффикс -к-, дающий прозвище Могилка, а затем фамильный суффикс -ин. Такая цепочка характерна для прозвищ, которые указывали на конкретного человека, а не на целый род, поэтому фамилия Могилкин встречается в разных регионах без единого «гнездового» центра.

Существует и вторая версия, менее правдоподобная, но имеющая право на жизнь: связь с названием белорусского города Могилёв. Согласно этой гипотезе, родоначальник Могилкиных мог быть уроженцем Могилёва, а прозвище Могилка закрепилось за ним как указание на место рождения. Однако против этой версии говорит то, что от названий городов обычно образуются фамилии с суффиксом -ов или -ский (Могилёв, Могилевский), а форма Могилкин скорее указывает на личное прозвище, а не на географическое происхождение.

Интересно, что фамилия Могилкин не единственная в этом ряду. Рядом с ней стоят однокоренные Могилёв, Могильников, Могильченко. Но если Могилёв почти наверняка восходит к названию города, а Могильников — к профессии могильщика, то Могилкин занимает промежуточное положение: в ней слились и прозвище, и профессиональное именование, и возможная географическая отсылка.

Какой бы версии ни придерживаться, ясно одно: фамилия Могилкин — редкая и не слишком распространённая, а значит, её носители, скорее всего, происходят из одного или нескольких небольших родов, разошедшихся по стране. Точных исторических данных о первых Могилкиных нет, но само прозвище Могилка в документах XVII–XVIII веков встречается, что позволяет предположить: фамилия сформировалась именно в тот период, когда прозвища активно превращались в наследственные именования.